Ostacoli
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Il monumento alle vittime del Traforo
                                                                                                                                    
 
Molti furono gli ostacoli incontrati durante lo scavo. Un grande problema era la terribile pressione della roccia sovrastante (2135 metri di spessore),  fino a 500 atmosfere con frequenti crolli di pietre e di travature, sollevamento del pavimento e spostamento dei muri laterali.
Per questo motivo, ad un certo punto per poter proseguire, si rese necessaria la posa di 100 robusti quadri in ferro perché le travature non reggevano oltre le 24 ore, proprio a causa del peso eccessivo dovuto alle forti pressioni.
Si fecero muri in calcestruzzo, spessi circa 2 metri, con archi rovesci posti nel pavimento per contrastare lo schiacciamento.
Un grosso problema era rappresentato dall'alta temperatura, che nel tratto centrale arrivò a toccare picchi di 52 gradi centigradi.
Un altro grave ostacolo fu la fuoriuscita di acque sotterranee, che improvvisamente fuoriuscivano con forte pressione ed una elevata temperatura. 
In un tratto di appena 200 metri si trovarono 40 sorgenti, alcune con una portata di 1.000 litri al secondo. Per tre giorni fu praticamente impossibile avvicinarsi a queste cascate, poi lentamente l'acqua fu fatta defluire dalla galleria di scolo.
Ad aggravare la situazione, c'era l'alta temperatura dell'acqua, fino a 49 gradi centigradi, che contribuiva ad innalzare ulteriormente la temperatura interna. 
Poiché questo problema si è verificato in territorio elvetico, gli Svizzeri per impedire all'acqua di fuoriuscire sul territorio italiano, collocarono in quel tratto due porte in ferro. I lavori proseguirono solo in territorio italiano.
Nella notte tra il 23 e il 24 febbraio 1905, entrò in galleria la squadra di operai che avrebbe dovuto abbattere l'ultimo tratto di roccia. Si accorsero che in quel tratto c'era una polla d'acqua. Si provvide allora ad uno scavo più basso per fare uscire l'acqua ma, poiché non tennero conto che l'alta temperatura dell'acqua a contatto con le rocce avrebbe sviluppato dei gas molto tossici quello che doveva essere un giorno di festa si tramutò in una tragedia con numerosi morti.
A fine lavori si contarono 60 vittime, tutte di nazionalità italiana.  I loro nomi sono ricordati su di una lapide dinnanzi alla stazione di Iselle.
La morte tendeva agguati di ogni genere: mine esplose anzitempo, massi franati dalla volta delle gallerie, schegge proiettate di fianco, carri usciti dai binari, membra schiacciate dai propulsori o tagliate dalle ruote, scoppi di tubazioni, schizzi di acqua compressa, gas velenosi ed asfissianti. Una cifra alta ma molto inferiore rispetto alle vittime del traforo del Gottardo.